Мутаторы - это модификации каким-либо образом изменяющие игровой процесс. Существует так называемый White List, список мутаторов которые официально разрешены разработчиками. Используя мутаторы не включенные в White List в своей игре\сервере, вы останетесь без прокачки перков. То есть бонусы от выбранного перка будут даваться, но не более. Обычно нужно просто скопировать мутатор в папку system.